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Standard custom from Bioneer

For routine applications, Bioneer offers standard custom oligos with no modification, Bio-RP purification, provided in a tube format.

Overview
Literature/Support
Ordering Information

Standard oligonucleotide 합성 서비스는 130mer 이하의 올리고 합성 서비스 입니다. 다양한 합성 스케일을 선택할 수 있으며 정제 방법 또한 용도에 따라 Bio-RP, HPLC 또는 PAGE 등 다양하게 선택 가능합니다.

Specification

합성 Scale (합성시작기준) 25 nmol, 50 nmol, 0.2 μmol, 1.0 μmol, 10μmol, 15 μmol
최대 합성 길이 5~130mer
선택 가능한 정제 방법 Bio-RP, HPLC and PAGE
Q.C & Q.A MALDI-TOF Mass Spectrometer & CE (Capillary Electrophoresis)

합성 scale은 합성 시작 때의 몰수입니다. 최종 수율은 다음과 같은 요인들에 의해 결정됩니다. 합성의 coupling efficiency가 각각 99%, 98%, 97%일 때 30mer의 최종농도는 각각 (0.99)30 = 74 %, (0.98)30 = 55%, (0.97)30 =40%입니다. 올리고의 길이가 길어질수록 합성된 최종 몰수는 적어집니다. 또한 올리고 Sequence에 따라 Coupling Efficiency가 차이가 나고 극단적인 경우 합성이 안 되는 경우도 있습니다. 정제 방법에 따라서도 최종 수율에 차이가납니다. Desalting만 하였을 경우 Coupling이 안된 n-1, n-2, n-3…mer길이의 올리고가 각각 1-3% 같이 혼재하게 되어 최종 수율이 높게 나옵니다. 바이오니아의 Bio-RP 고순도 정제 공정은 이러한 n-1 mer 류를 제거한 순수한 올리고를 만드는 방법으로서, 제조 완료 후 MALDI-TOF QC과정을 거쳐 정확한 길이의 올리고만 공급하고 있습니다.

Purifications

• Bio-RP, HPLC, PAGE 등의 다양한 정제방법을 선택할 수 있습니다.
• 바이오니아는 Bio-RP 정제를 무료로 서비스 해 드립니다.
• 언제든지 고객님의 실험에 필요한 올리고의 정제 방법을 상담해 드립니다.

Bio-RP 정제

합성기에서 올리고를 합성해 나가는 과정 중 Coupling monomer로 쓰여지는 Phosphoramidite는 5'-OH 그룹이DMT기로 보호되어 있는데 이는 합성 과정 중 연속 Coupling반응이 일어나는 것을 방지하기 위해서입니다. 합성기 상에서 올리고 합성의 마지막 Cycle이 끝난 뒤 DMT 기를 떼어내지 않고 합성과정을 완료하면 ('trityl-on' mode) 원하는 길이의 n-mer 올리고에만 5'-DMT기가 붙어있고 나머지 부산물들인 n-1, n-2, n-3…mer에는 DMT기가 붙어있지 않은 상태로 합성이 완료됩니다. DMT 기는 Hydrophobic 한 성질을 가지고 있습니다. 바이오니아의 연구진들은 이러한 DMT 기에 강하게 부착되는 RP resin을 개발하고 컬럼 공정을 자동화한 Bio-RP 정제 방법을 개발하였습니다. 바이오니아는 Bio-RP 정제 방법으로 원하는 n-mer 올리고만 효율적으로 분리하고 n-1, n-2, n-3…mer들을 제거함으로써 고순도의 n-mer 올리고를 정제할 수 있습니다.

HPLC 정제

Cloning, Site directed mutagenesis 또는 Quantitative gene detection 등의 실험을 수행할 때에는 고순도의 합성올리고가 필요합니다. 이 경우, desalting이나 Bio-RP 정제만으로는 충분하지 않은 경우가 많습니다. 고순도의 올리고로 정제하기 위해서는 HPLC 방법이 자주 사용됩니다. 정제 Resin으로는 Anion-exchange resin 또는Reversed-phase resin이 사용됩니다. Anion-exchange chromatography는 30mer 가량의 올리고 정제에 적합하며 90% 이상의 순도를 나타냅니다. RP-HPLC를 사용한 정제도 Anion-exchange HPLC를 사용했을 때와 유사한 정제 효율을 나타냅니다. 두 방법 모두 합성 올리고의 길이에 따라 정제 효율이 영향을 받기 때문에 보통35mer 이상의 합성 올리고는 고순도로 정제하기가 어렵습니다.

PAGE 정제

긴 올리고를 고순도로 정제할 때 사용되는 정제 방법입니다. Polyacrylamide gel에 전기영동하여 보통 130mer정도까지 분리할 수 있으며 정제 후 순도는 95% 이상입니다. 전기영동을 이용한 정제방법은 매우 높은 분리기능을 가지지만, 정제된 올리고를 얻기 위해서 gel상에서 원하는 밴드를 잘라 추출해야 하고, 또한 desalting 과정을 거쳐야하므로 최종수율이 낮아집니다.

용도에 따른 정제 방법

Application Purification
Bio-RP PAGE HPLC
Standard PCR / RT -PCR    
Multiplex PCR  
Real Time PCR    
Sequencing    
Genotyping /SNP    
Cloning (e.g. chemical linkers)  
Mutagenesis  
Gene Synthesis    
DNA Microarray Probes  
Antisense    
Primer Extension  
cDNA library generation    
End labelling & FISH    
Northern & Southern blotting  
Gel Shift Assay  

Guaranteed Yield

• 올리고의 합성 수율은 염기의 구성, 정제방법, 올리고 길이, 합성 scale 또는 modification 여부에 따라 달라질 수 있습니다.
• 바이오니아는 최저 올리고 공급 수율을 '기준 수율'로 정하여 기준 수율 이상을 공급하고 있습니다.

Synthesis Scales 최소 Guaranteed O.D 25mer 기준
Bio-RP PAGE HPLC
0.025 μmole 2 1 1.5
0.05 μmole 4 2 2.5
0.2 μmole 8 6 7
1 μmole 30 18 25
10 μmole 300 33 -
15 μmole 문의

Guaranteed Yield

  • 합성 올리고의 QC 방법은 DMT-monitoring QC, PAGE QC, HPLC QC가 일반적이지만, 모두 간접적인 방법으로 fail 올리고 및 Modification 성공률 등을 정확히 확인 할 수 없습니다.
  • MALDI-TOF QC (Matrix-Assisted Laser Desorption / Ionization Time of Flight) mass spectrometer를 이용하면 올리고의 정확한 분자량을 측정할 수 있으므로, 기존 방법들과 달리 합성 올리고의 정확한 품질을 평가할 수 있습니다.
  • 7대의 MALDI- TOF를 도입하여 모든 올리고를 MALDI-TOF QC 하여 고품질의 올리고를 공급합니다.
  • MALDI-TOF QC를 수행한 QC Data (합성 올리고 sheet)를 제공함으로써 올리고의 분자량을 직접 확인할 수 있습니다.
  • 50mer 이상의 긴 올리고는 HPCE (High Performance Capillary Electrophoresis) 'Oligo-pro™로 순도를 분석합니다.

Delivery

  • PAGE 정제 올리고 및 modification 올리고를 제외하고는 주문 후 이틀 내 발송을 원칙으로 합니다.
    (재합성 또는 택배회사의 운송 스케줄에 따라 배송이 지연될 수도 있습니다.)

Next-day delivery service

바이오니아는 고객이 오전 8시부터 오후 5시까지 주문한 올리고를 익일 수령하실 수 있는, 빠르고 편리한 'Next-day delivery service'를 운영하고 있습니다.

Specification

서비스 대상 35 mer 이하의 Bio-RP 정제 올리고
주문 접수 시간 오전 8시부터 오후 5시까지
배송 시간 주문 익일 오후 5시~7시 사이 수령 (운송업체의 사정으로 납품이 지연될 수 있습니다.)
Set-up Charge 또는 운송료 30,000 ~ 50,000원 (VAT 별도) 청구 (일부 지역에는 운송료 추가 비용이 발생할 수 있습니다.)