S. pombe Genomic DNA (2 μg)

본 제품은 높은 DNA binding capacity를 갖는 silica filter가 사용된 spin column 방식의 AccuPrep® Genomic DNA Extraction Kit를 이용하여 S. pombe 세포로부터 genomic DNA를 추출하여 제공되는 제품으로 genomic DNA를 추출하는 작업의 번거로움을 덜어 드립니다. 추출된 genomic DNA gene cloning, PCR, quantitative Real-Time PCR, southern blotting등 다양한 실험에 사용할 수 있습니다.

₩100,000
카탈로그 번호
M-1030-D

특장점

  • S.pombe 각각의 유전자의 deletion mutants로 구성

  • 포유 동물과 생리학적인 프로세스 유사

  • 인체 암 유전자와 30% 이상의 상동성

  • 세포 주기가 짧아 (~3h) 분자생물학적인 작용 기전 및 pathway 연구에 용이

  • 열성 형질에 따른 phenotype 분석이 가능

  • functional complementation을 바탕으로 알려지지 않은 유전자 기능 분석이 가능

  • 살아있는 세포 기반의 대용량 약물 작용점 스크리닝에 이용 가능

개요

분열효모 게놈 적중 라이브러리는 바이오니아, 한국 생명공학연구원 (KRIBB) 및 영국 왕립 암연구소 (Cancer Research UK)의 공동 연구로 개발되었으며, 바이오니아가 독점 사업권을 갖고 있습니다. 분열효모 게놈 적중 라이브러리는 규모 유전자 기능 분석, 약물 작용점 규명 및 검증 연구, 총괄적인 세포 기능 연구의 강력한 연구 수단입니다. 또한, 유전자 발현 및 합성치사(synthetic lethal) 분석 등과 같은 유전자 기능 분석 및 약물 스크리닝에 사용될 수 있습니다. 분열 효모는 인간을 포함한 포유동물과의 유전자 상동성이 발아효모보다 높고 세포 분열방식 역시 포유 동물과 유사하여, 보다 이상적인 모델 생명체로 여겨지고 있습니다. 그래서 분열효모 게놈 적중 라이브러리는 상동성 재조합을 통해 표적 유전자를 KanMX4를 포함한 selection 카세트로 치환하는 방식으로 제조되었습니다.

- Heterozygous diploid deletion mutants 라이브러리의 경우 총 4,845개의 변이체로 구성되어 있고 이는 전체 게놈 (총 4914개 ORF 포함)의 약 98%를 차지합니다.
- Homozygous diploid deletion mutants 라이브러리의 경우, 총 3,420개의 변이체로 구성되어 있습니다.

각 균주들은 특이적인 barcode를 selection 마커 (KanMX4) 양쪽에 지니고 있으며, 이는 전체 균주 pool상에서 다량의 유전자 기능 분석 및 약물 타겟 스크리닝이 용이한 수단을 제공하고 있습니다. 또한, 각 개별 균주의 표현 형질을 분석함으로서 유전자의 기능을 규명하는데도 효과적으로 사용 가능합니다.

figure1


응용 분야


응용 분야 #1 (Anti-fungal)

figure2

Figure 1. 항균제인 terbinafine을 전체 라이브러리에 처리하여 부작용 제거에 사용할 수 있는 erg1 유전자 이외에 Terbinafine의 신규 타겟으로서 pmm1 유전자를 새로 발굴



figure3

Figure 2. 분열 효모인 S. pombe 시스템은 발아 효모인 S. cerevisiae 시스템보다 Terbinafine의 민감도가 1,000배 이상 높게 나타남.
(Pombe 유전자가 이 항균제에 더 특이적인 것을 알 수 있음)




응용 분야 #2 (Anti-hyperlipidemic)

figure4

Figure 3. 고지혈증 치료제 simvastatin의 작용점인 HMG1 유전자가 분열 효모인 S. pombe에서 타겟으로 발굴되었고, 발아 효모인 S. cerevisiae에서는 확인되지 않음.
(S. pombe가 이 고지혈증 치료 약물 스크리닝에 더 효율적인 것을 알 수 있음)




응용 분야 #3 (General toxicity)

figure5

Figure 4. 독성을 나타내는 Troglitazone은 분열 효모에서 약 10 uM 농도에서 독성을 나타내었고, 안전한 약물인 Rosiglitazone은 독성을 나타내지 않았음.
(신약개발 초기 단계에서 일반 독성 평가를 하는데, 이를 통해 약물개발 지속여부에 관한 결정 시간 (decision time) 단축, 부작용에서 비롯되는 리콜 사태 예방 등에 분열 효모 시스템을 효과적으로 사용할 수 있다는 것을 의미)

제품 규격/사양

S. pombe Deletion Mutant Library Specification
strains Diploid 4,845 strains, Haploid 3,420 strains
Selection Marker KanMX4, G418
Genotype Diploid:    SP286       h+/h+     ade6-M210/ade6-M216 ura4-D18/ura4-D18 leu1-32/leu1-32

Haploid:   ED666       h+          ade6-M210 ura4-D18 leu1-32
                   ED668       h+          ade6-M216 ura4-D18 leu1-32

Culture media YES:    for rich complete medium
EMM:  for minimal medium
Strain verification Check PCR, Sequencing
Storage Store at -70°C (Glycerol type)
Store at 22°C to 25°C (Agar type)


제조

S. pombe diploid deletion mutant 제조

분열효모 게놈 내의 유전자 결손 변이체들은 개별 표적 ORF를 타겟하는 표적 적중 유전자 변이방식으로 체계적으로 제조되었습니다. 각 ORF의 염색체 위치 및 서열정보는 Welcome Trust Sanger 연구소에 공개된 S.pombe 데이터베이스(www.pombase.org)를 기반으로 하였습니다. 유전자 결손 카세트는 한 종류의 selection marker(Fig. 1), 바코드 및 상동 재조합을 위한 sequence(Fig. 2)를 포함하고 있습니다. 만들어진 각 유전자 별 카세트는 diploid host strain(SP286)에 형질 전환했고, deletion 여부는 G418 항생제 내성으로 확인하였습니다 (Fig. 3). (카세트가 표적 ORF위치에 정상적으로 삽입되었을 경우 G418 항생제 처리 시 KanMX4 마커 유전자에서 비롯되는 항생제 내성에 의해 colony를 나타납니다.)

figure

S. pombe haploid deletion mutant 제조

S. pombe haploid deletion mutant는 다음과 같은 과정을 통해 diploid deletion mutant로부터 제조되었습니다.

figure


검증

S. pombe diploid deletion mutant 검증

변이체내에서의 유전자 결손 여부는 바이오니아의 AccuOligo® S. pombe Validation Primer 를 이용한 colony PCR를 통해 확인했습니다.

G418 항생제 배지에서 자란 균주가 표적 유전자가 결손된 상태인지 확인하기 위해 표적 유전자 두 종류의 primer(5’ upstream & 3' downstream)로 PCR 했습니다. N-terminus PCR에 CP5 primer를 CPN1과 CPN10 primer와 함께 사용하였고, C-terminus 부위의 PCR에 CP3 primer를 CPC1과 CPN3 primer와 함께 사용하였습니다. PCR product의 존재 여부 및 크기를 전기 영동을 통해 분석하여 유전자 변이체를 확인하였습니다.


figure

각 타겟 ORF의 유전자 결손 변이체들의 검증은 타겟 유전자 특이적인 primer와 KanMX 모듈 내의 common primer를 이용한 colony PCR을 통해 tag 서열을 증폭하여 확인하였습니다.

KanMX 모듈내의 CPN1, CPN10, CPC1, CPC3 서열은 다음과 같습니다.


CPN1    5-CGTCTGTGAGGGGAGCGTTT-3
CPN10  5-GATGTGAGAACTGTATCCTAGCAAG-3
CPC1    5-TGATTTTGATGACGAGCGTAAT-3
CPC3    5-GGCTGGCCTGTTGAACAAGTCTGGA-3

MSDS

MSDS_S. pombe Deletion Mutant Library


Brochure

S. pombe Deletion Mutant Library


Quality Assurance

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ISO 9001 – certificate

EN ISO 13485 - certificate

S. pombe Deletion Mutant Library Specification
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특허 10-2008-037420, 12/989,192

카탈로그 번호 제품명 Quantity 가격
S. pombe Deletion Mutant Individual Strains
M-1010 S. pombe Individual Haploid & Heterozygous Diploid Deletion Mutant Strains Agar type
Glycerol type
₩ 200,000
S. pombe Deletion Mutant Set
M-5030H-LT S. pombe Haploid Deletion Mutant Set ver 5.0 Life Time 36 plates (96-well) ₩ 25,000,000
M-5030H-5Y S. pombe Haploid Deletion Mutant Set ver 5.0 5Y License 36 plates (96-well) ₩ 15,000,000
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