AccuPower® qPCR Array Service

BIONEER는 세계수준의 인프라와 노하우를 보유하고 있으며 이를 이용한 qPCR 실험 모든 과정은 논문 게재를 위한 qPCR 실험 지침서인 MIQE (Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments ) 가이드라인을 따르고 있습니다. 전 과정이 숙련된 전문가들에 의해 이루어지기에 정확하고 신뢰성 있는 결과를 신속하게 얻을 수 있습니다.

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카탈로그 번호
S-6001

저희 qPCR Array Service를 이용하시면 아래와 같은 장점이 있습니다.


 1. MIQE 가이드라인에 따라 수행하므로 정확하고 신뢰성 있는 data를 신속하게 제공 받을 수 있습니다. 
qPCR Array Service는 실험 모든 과정을 숙련된 전문가들이 MIQE 가이드라인에 따라 수행하여 논문 게재가 가능한 data를 신속하게 얻을 수 있습니다. qPCR은 실험 조건 및 결과 분석에 따라 큰 오차를 유발할 수 있기 때문에, qPCR 모든 과정에서 주의를 기울여 오차를 최소화하는 것이 중요합니다. 이러한 문제점을 해결하고자 세계적으로 권위 있는 qPCR 전문가들은 MIQE (Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments) 가이드라인을 발간하게 되었습니다. MIQE 가이드라인은 논문 게재를 위한 qPCR 실험 지침서로 쓰이며, 논문 게재 시 인용 횟수도 증가하고 있는 추세이므로 양질의 qPCR data를 얻기 위한 필수 지침서라고 할 수 있습니다. 또한 qPCR 결과 분석은 자체 개발한 분석 시스템 및 소프트웨어를 바탕으로 이루어지기 때문에, 다양하고 신뢰성 있는 data를 신속하게 제공 받을 수 있습니다. 

 2. Primer 합성 비용 및 시약 비용을 절감할 수 있습니다. 
연구자 개인적으로 수행 시, qPCR분석을 위한 primer합성 비용은 단일 유전자일 경우 부담이 적을 수 있지만, 수 십 개의 유전자에 대한 primer를 주문할 경우 합성비용에 대한 부담이 크며, 최적화 되지 않은 primer는 1회 사용으로 그칠 수 있기 때문에 큰 낭비가 될 수 있습니다. 또한 qPCR에 필요한 시약인 qPCR premix도 최적화 과정을 거쳐야 하므로 시약 비용 또한 부담이 될 수 있습니다. 

 3. Primer optimization 에 소요되는 시간을 절감할 수 있습니다. 
직접 단일 유전자 primer를 최적화할 경우 다음과 같은 과정과 시간이 필요합니다. 
fig1
Figure 1. Single target primer designing and synthesis In a best case scenario, it would take approximately one week to optimize a single set of primers.

한 번의 실험으로 최적화 될 경우에 소요되는 시간이며, 만일 최적화에 실패하면 첫 단계부터 다시 진행해야 하므로 최소 1주일 이상의 시일이 소요됩니다. 만약 분석하고자 하는 유전자의 수가 1개 이상일 경우 아래와 같이 primer 설계부터 주문 및 합성, 최적화까지 최소 10~14일 정도의 시간이 필요하며, 이것은 한 번의 실험으로 최적화 되었을 경우이며, 두 번 혹은 그 이상을 시도하게 되면 2~3주 이상의 시일이 소요됩니다. 
fig2
Figure 2. Multiple target primer designing and synthesis 

바이오니아는 12,000 여 쌍의 효율이 검증된primer를 보유하고 있으며, 자사 bioinformatics tool과 초고속 합성라인을 이용하여 높은 민감도와 신뢰성을 지닌 primer를 신속하게 제작할 수 있습니다.

 4. 고가의 qPCR 장비를 구입할 필요가 없습니다.
qPCR 은 일반적으로 분자유전학 분야에서 주로 활용되어 왔지만, 응용 범위가 광범위하게 확대되면서 의료, 제약, 식품, 농업, 환경 등 기타 다양한 연구분야에 활용되고 있습니다. qPCR분석을 위해 쓰이는real-time PCR장비는 고가의 장비이므로 기존에 장비를 보유하고 있지 않은 실험실에서 장비를 구입하는 것은 큰 부담일 수도 있습니다.

qPCR Array Service workflow

Figure 1. qPCR Array Service pattern diagram.

Ordering and Consultation

qPCR 서비스 주문 양식을 작성하여 이메일로 보내주시면, 기입된 내용을 확인 후 상담을 진행합니다. 원하시는 서비스 내용을 정확하게 파악하기 위해 충분한 협의를 진행한 후, 서비스 주문 송장을 발송합니다.
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Sample Shipping

High quality의 data를 얻기 위해 샘플을 배송하기 전 샘플의 quantity 와 quality 를 확인한 후 주문서 양식에 맞추어 기입해 주시기 바랍니다. 샘플 배송 시 배송 주의 사항을 준수할 것을 당부 드리며, 배송과정에서 RNA가 degradation 되지 않도록 각별한 주의가 필요합니다.


Nucleic Acid Quality Check

qPCR 실험을 디자인하고 수행함에 있어서 샘플 상태는 매우 중요합니다. MIQE 가이드 [Bustin, S.A., et al. 2009. The MIQE Guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments, Clinical Chemistry 55:4, 611-622]에 따르면 샘플 설명 및 처리 과정, 냉동/고정 방법과 샘플 저장 조건에 관한 명기는 필수 사항입니다. 또한 핵산 추출에 관한 방법 및 사용 장비, 오염 측정, 정량, 순도와 RNA integrity 측정 결과도 기재되어야 합니다.
의뢰된 RNA 샘플은 qPCR에 적합한지 판단하기 위해 Caliper 사의 LabChip™ GX를 이용하여 RNA Quality Index(RQI) 를 측정합니다. RQI를 통과하였을 경우 다음 과정을 진행하며, 만약 적합하지 않은 샘플에 대하여 의뢰자의 요청에 의해 qPCR을 진행하였을 경우 도출된 데이터에 대해서는 책임지지 않습니다.

Figure 1
Figure 2. Example of RQI assessment performed with Caliper's LabChip™ GX.

qPCR

qPCR을 수행하기 전에 검출 한계 및 dynamic range, 증폭 효율을 측정하기에 적합한 primer와 검출방법 (hydrolysis probe, intercalating dye etc)을 선택합니다. 또한 정확한 양성 샘플과 보정수치를 설정하는 것 또한 중요하므로, qPCR setup을 검증하기 위해 정제된 양성 샘플에 대한 실험 뿐 아니라, 실제 샘플 적용 시 여러 변수가 있을 수 있으므로 실제 샘플에 대한 실험도 수행합니다.
실험자 자체적으로 몇 개의 타겟 유전자들에 대해 qPCR을 수행하는 것은 효율적으로 이루어 질 수 있지만, 수백개의 타겟 유전자들에 해당하는 qPCR을 수행할 때에는 시간적, 경제적 측면에서 비효율적일 수 있습니다. 따라서 많은 타겟 유전자의 발현 패턴 분석을 위해서는 qPCR을 직접 수행하기보다 서비스를 의뢰하는 것이 보다 효율적일 수 있습니다. 바이오니아의 qPCR service는 분자연구와 관련된 숙련된 전문가에 의해 이루어 집니다. 또한qPCR 실험은 첨단 광학 및 민감한 탐지 기술을 가진 바이오니아의 Exicycler™ 96 Real-Time Quantitative Thermal Cycler를 이용하여 수행되며, 전 세계시장에서 가장 신뢰할 수 있는 qPCR data를 산출할 수 있습니다.   

Figure 2
Figure 3. Exicycler™ 96 Real-Time Quantitative Thermal Block (Left). Example of a typical amplification curve (Right).

Detection method

일반적으로 qPCR 분석으로 사용되는 방법은 intercalating dye 혹은 hydrolysis probe 입니다. 바이오니아의 qPCR Array Service는 intercalating dye의 한 종류인 GreenStar™을 사용하는 qPCR 분석을 수행합니다. GreenStar™에 의한 검출 방법은 아래 그림과 같습니다. GreenStar™는 증폭된 double-strand DNA의 사이에 결합하여 형광을 나타내므로 형광값은 증폭산물의 양과 비례하며, 타겟 유전자의 증폭산물을 정량적으로 계산할 수 있습니다. 아래 그림과 같이 GreenStar™은 증폭된 모든 PCR 산물에 결합하기 때문에, 비특이적으로 증폭된 산물도 검출하는 문제점이 있습니다. 따라서 qPCR Array Service는 specific primer design 과 primer validation test를 통하여 검증 후 사용합니다. 


Figure 4. GreenStar™ detection.


Result Analysis and Reporting

qPCR data는 여러가지 방법으로 분석될 수 있습니다. 상대 정량을 통한 qPCR data의 분석은 일반적인 2-ΔΔCt 방법을 이용하여 분석하며, 이는 mRNA 발현 분석 방법으로 사용되고 있습니다. qPCR data는 엑셀 file로 제공되고, raw Ct 값, melting curve analysis (intercalating method 의 경우) data, p-value, fold change, scatter plots, volcano plots, heatmap image등도 분석결과에 포함됩니다 (Exicycler™ 분석 software가 설치된 경우 qPCR raw data도 제공합니다). 뿐만 아니라 MIQE에 따른 유전자 정보, amplicon 크기, PCR 조건 등에 대한 포괄적인 정보도 제공됩니다.

Figure 3
Figure 5. Visualization of data

Per MIQE guidelines, we also supply a basic information package including comprehensive information about the gene, amplicon size , PCR conditions, etc.

Trademarks

LabChip is a registered trademark of Caliper Life Sciences Inc. Mountain View, CA USA
Microsoft and Excel are registered trademarks of Microsoft Corporation, Redmond, WA USA
Bioneer and Exicycler are trademarks of Bioneer Corporation, Daejeon South Korea

Ordering information

order form

서비스 소요시간

Customized Service Kit Gene No. Service 소요시일
Taster Kit 16 2주
Preference Kit 32 2주~3주
Mix-and-match Kit 96 3주~5주

* 자사에서 보유하고 있지 않은 primer를 이용한 서비스 요청 시 추가시간이 소요될 수 있습니다.

Pricing

1. AccuPower® qPCR Array Service Package (3반복 qPCR)
Customized Service Kit Gene No. 소비자가
Taster Kit 16 문의
Preference Kit 32 문의
Mix-and-match Kit 96 문의

Sample Requirements

* 의뢰하는 샘플의 종류에 따라 아래 조건을 확인하여 주십시오.

1. cDNA 샘플을 의뢰하실 경우 :
  • RNA 정제 후 DNase처리를 필수로 부탁 드립니다.
  • cDNA는 합성 후 -20℃ 이하에서 보관하십시오.
  • cDNA 합성 시 사용하는 RNA 농도는 0.4~1 μg / 20 μl rxn 권장 드립니다.
Customized Kit Gene No cDNA volume
Taster kit 16 200 μl
Preference kit 32 400 μl
Mix-and-match kit 96 900 μl

2. RNA 샘플을 의뢰하실 경우 :

아래 조건을 확인하신 후, 각 항목에 해당하는 내용을 주문서에 기입해 주십시오. RNA quality 체크 후 적합하지 않을 경우, qPCR을 수행하지 않으며, 고객의 요청으로 실험을 수행하였을 때는 도출되는 결과에 대해서 책임을 지지 않습니다.
  • RNA 정제 시 RNase-free인 환경에서 신속하게 진행하십시오.
  • RNA 정제 후 -80℃에서 보관하고 냉동과 해동을 반복하지 않도록 주의합니다.
  • RNA purity : 260/280nm 의 값은 1.8 이상, 260/230nm 의 값은 1.7 이상으로 권장합니다.
  • Gel image : RNA 28S /18S band intensity는 2 : 1 비율이 적합합니다.

* RNA gel image 예시


  • qRT-PCR을 진행하므로 DNase 처리 필수이며, DNase 처리는 서비스 옵션으로 가능합니다.
  • Total RNA 농도 (3반복 qPCR 기준입니다.)

Customized Kit Gene No 최저 volume 최소 농도 Total RNA
Taster kit 16 15 μl 100 ng/μl 5 μl
Preference kit 32 10 μl
Mix-and-match kit 96 20 μl


3. RNA 추출을 의뢰하실 경우 :

Cell
각 샘플 당 5 x 106 cell 이상으로 준비하시고, 액체질소로 급속 냉동 후 -80℃에서 보관해 주십시오.

Tissue
각 샘플 당 100mg 이상으로 준비하시고, 액체질소로 급속 냉동 후 -80℃에서 보관해 주십시오.

Blood /기타 샘플
Cell과 tissue 이외의 샘플 추출에 대한 문의는 세부적 상담 후 진행합니다. - Blood의 경우 가급적 EDTA-tube를 사용 하실 것을 권장합니다.

Sample Handling and Shipping Conditions

  • 충분한 양의 dry ice로 냉동상태를 유지하도록 포장해 주시고, 당일 발송 후 익일 도착이 가능한지 확인 후 발송해 주십시오.
  • 공휴일 및 휴일 전날은 발송하지 마십시오. 배송과정에서 샘플 Quality에 문제가 생길 경우, qPCR 서비스를 진행하지 않으며, 본사에서 책임지지 않습니다.

주소 및 연락처

주소: 대전광역시 대덕구 문평서로 8-11 (주)바이오니아 qPCR Array팀
e-mail : qPCRarray@bioneer.com
전화번호 : 042-930-8673

qPCR array service - 논문 리스트

Abrogation of galectin-4 expression promotes tumorigenesis in colorectal cancer
Kim SW1, Park KC, Jeon SM, Ohn TB, Kim TI, Kim WH, Cheon JH.
Cell Oncol (Dordr). (2013) 36:169-178.
• More information
Cholesterol induces cardiac hypertrophy by activating the AKT pathway
Hyunjung Leea,b, Young Sook Yooa, Daekee Leeb, Eun Joo Songa,*
J Steroid Biochem Mol Biol. (2013) 138:307-313.
• More information
Ectopic Expression of CaWRKY1, a Pepper Transcription Factor, Enhances
Drought Tolerance in Transgenic Potato Plants

Seok-Jun Moon1, Se-Youn Han1, Dool-Yi Kim1, Beom-Gi Kim1, In Sun Yoon1, Dongjin Shin2, Hawk-Bin Kwon3 and Myung-Ok Byun1*
J. Plant Biol. (2014) 57:198-207.
• More information
Autoinducer-2 associated inhibition by Lactobacillus sakei NR28 reduces virulence of enterohaemorrhagic Escherichia coli O157:H7
Hyunjoon Parka,b, Soyoung Yeob, Yosep Jia,b, Jieun Leeb, Jaesik Yangb, Soyoung Parkb,Heuynkil Shinb, Wilhelm Holzapfela,*
Food Control. (2014) 45:62-69.
• More information
Negative Pressure Wound Therapy of Chronically Infected Wounds Using 1% Acetic Acid Irrigation
Hii Sun Jeong1, Byeong Ho Lee1, Hye Kyung Lee2, Hyoung Suk Kim3, Min Seon Moon3, In Suck Suh1
Arch Plast Surg (2015) 42:59-67
• More information
Influence of gastrointestinal stress on autoinducer-2 activity of two Lactobacillus species
Soyoung Yeo1, Hyunjoon Park1, Yosep Ji1, Soyoung Park1, Jaesik Yang1, Jieun Lee1, Julius M. Mathara2, Heuynkil Shin1 and Wilhelm Holzapfel1
FEMS Microbiology Ecology (2015) 91
• More information

 

qPCR Array Service 고객만족도

qPCR Array Service 이용후기

소속기관 / 연구주제
경희대학교 분자피부생명공학실 / 미백물질처리에 따른 유전자 발현
 이용후기:
전반적으로 만족합니다. 서비스 전, 후에 담당자 분을 통해 자세한 사항을 전달 받을 수 있어 좋았습니다.
관동의대 명지병원 성형외과학교실 / 특정물질에 의한 감염조절 및 조직의 증식
 이용후기:
qPCR에 대해 학교 연구원들과 communication도 잘 안되고 일도 잘 진행이 안되었었습니다. 바이오니아의 경우는 어려운 요구들을 저희가 원하는 바에 맞게 빠른 시간 안에 해결해주셔서 많은 경험이 있는 연구소임을 실감하였습니다.
서울대학교 의과대학 암연구소 / Gastric cancer cell 에서의 signaling pathway
 이용후기:
Array를 하기 전 샘플 준비에 있어서 선택적으로 의뢰가 가능하다는 점, 그리고 분석하고자 하는 유전자를 signaling pathway에 치우치지 않고 사용자가 customize를 할 수 있다는 점에서 Bioneer의 qPCR array는 굉장히 매력이 있다고 생각합니다. …… 샘플 의뢰 후 1주일 정도면 통계적인 수치까지 계산해서 발현의 차이를 보여 주므로 빠른 시간내에 screening을 할 수 있다는 것이 큰 장점입니다. 결과 파일로 Ct value 등의 raw data를 같이 주므로 직접 샘플 간의 차이를 분석 해 볼 수도 있습니다. …… 실험자에게는 빠른 시간 내에 많은 양의 data를 안겨 줄 수 있을 것으로 생각됩니다
서울대학교 의과대학 암연구소 / Oncogene 과발현 세포의 cytokine 처리에 의한 유전자 발현
 이용후기:
기술이 얼마나 혁신적인지도 중요하지만 그것을 운영하는 사람이 얼마나 cooperative한지도 굉장히 중요한 문제라고 생각합니다. qPCR array팀에서 문의사항에 대한 설명을 굉장히 잘해주셨고, 진행사항에 대해서도 끊임없이 feedback 주셔서 신뢰감이 생겼습니다. 결과 중 일부는 제가 별도의 primer를 작성하여 qPCR 해보았는데 거의 유사하게 나왔습니다.
조선대학교 치과대학구강병리학교실 / 구강암세포에서 Wild 세포와 항암제 내성 세포간의 유전자 발현
 이용후기:
실험실 내에서 다시 한번 confirm을 하였을 때 재현성이 높은 점이 좋았습니다.
차의과대학교 생리학교실 / Src family kinase 항암효과
 이용후기:
췌장암에서 src family kinase의 항암효과와 유전자발현양상의 상관관계를 규명하고자, 췌장암 세포주 MIA PaCa와 Capan의 src family gene의 mRNA 발현양상을 의뢰 하였으며 저희의 실험결과와 일치하는 실험결과를 얻어 매우 만족하고 있습니다. 앞으로도 계속적인 연구를 통해 바이오니아에 의뢰할 내용이 많을 것 같습니다. 결과에 대해 Data정리도 잘 해주시고 정말 감사했습니다..
한국생명공학연구원 단백질의학연구센터 / Cancer관련 NF-kB signaling
 이용후기:
실험설계단계부터 결과까지 잘 설명해주셨고, 서비스도 대체적으로 만족하였습니다.
한국생명공학연구원화학생물연구센터 / 후생유전학 관련 중심체 유전자의 조절
 이용후기:
전반적인 서비스 부분에 대해서 만족합니다.

* 위 내용은 다수의 qPCR Array Service 이용후기 중 고객의 동의를 얻어 일부분을 발췌한 것입니다.

이외에 강남차병원 차암연구소, 건국대학교 약학대학, 경상대 의과대학 미생물학교실, 대구가톨릭대학교 의생명과학부, 서울아산병원 생명과학연구소, 서울아산병원 영상의학과, 숙명여대 면역학실험실, 연세의대 내과학 교실, 한의학연구원 신한방제재연구센터 등의 기관에 서비스를 제공하였습니다.

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