EcoQprep™ Genomic DNA Kit

EcoQprep™ Genomic DNA Kit는 Silica-coated magnetic nanobead를 활용하여 혈액, 동물 조직, 배양세포 및 다양한 종류의 법의학 시료로부터 고순도의 genomic DNA를 신속하게 추출할 수 있는 키트입니다. 자력 기반의 추출 방식으로 Spin column 방식 대비 짧은 시간 내에 추출이 가능하며, 원심분리기 없이 자력을 활용하여 전력 소비를 줄이고, 플라스틱 폐기물을 최소화한 제품입니다.

₩130,000

카탈로그 번호

K-3701

제품 개요

제품 소개 영상

특장점

효율적인 자성 입자 기반 추출
자성 입자 기술을 활용하여 원심분리기 대신 자석으로 핵산을 신속하게 분리할 수 있습니다.
친환경 핵산 추출 방식
기존 Column Filter 방식 대비 플라스틱 폐기물을 줄일 수 있습니다.
광범위한 시료 적용성
Whole blood, cultured cells, animal tissues, bacteria (Gram-negative, Gram-positive), forensic sample 등 다양한 시료에서 고순도/고수율의 gDNA를 추출할 수 있습니다.
다양한 추출 규모 지원
Mini, Midi, Maxi 등 여러 스케일을 하나의 키트로 처리할 수 있어 소량부터 대량 시료까지 유연하게 대응할 수 있습니다.
소량 시료에서도 안정적인 추출
1x10⁴Cells 미만의 적은 배양 세포에서도 DNA 추출이 가능해 소량 시료 처리에 적합합니다.
신속한 처리 시간
자성 입자 기술을 통해 Mini 약 5분^*, Midi 약 10분^*, Maxi 약 15분^* 내에 핵산을 추출할 수 있어, 실험 효율성을 높입니다.
최소한의 장비 필요
EcoQprep™ Magnetic Separation Rack(TM-1012)만 있으면 별도의 장비 없이 사용할 수 있습니다.

^*전처리 시간 제외

응용 분야

• Gene cloning

• PCR

• Real-time PCR

• Southern blotting

• SNP genotyping

• Short Tandem Repeat (STR) analysis

제품 규격/사양

▶ 제품 규격/사양

Scale		Micro	Mini	Midi	Maxi
Whole blood	Amount of Starting Sample	100 μL	200 μL	2 mL	4 mL
Whole blood	Typical DNA Yield [μg]	< 5 μg	< 10 μg	< 80 μg	< 150 μg
Cultured cells	Amount of Starting Sample	~ 1 x 10⁴ cells	~ 1 x 10⁶ cells	~ 5 x 10⁶ cells	~ 1 x 10⁷ cells
Cultured cells	Typical DNA Yield [μg]	< 120 ng	< 12 μg	< 60 μg	< 120 μg
Animal tissue	Amount of Starting Sample	~ 10 mg	~ 25 mg	~ 100 mg	~ 250 mg
Animal tissue	Typical DNA Yield [μg]	< 5 μg	< 10 μg	< 40 μg	< 120 μg
Bacteria (Gram (-), (+))	Amount of Starting Sample	-	~ 1 x 10⁹ cells	~ 5 x 10⁹ cells	~ 1 x 10¹⁰ cells
Bacteria (Gram (-), (+))	Typical DNA Yield [μg]	-	< 15 μg	< 80 μg	< 150 μg
DNA purity		A_260/280> 1.8
Turnaround Time		> 5 min	> 5 min	> 10 min	> 15 min

Various kinds of forensic sample
Amount of Starting Sample	Dried body fluid spot or fingerprint (FTA card, paper, cloth, etc)	~ 7 mm or ~ 2 cm²
	Hair	1 cm
	Bone and teeth	~ 100 mg
	Chewing gum	~ 30 mg
	Cigarette butts	~ 2 cm²
	Buccal swab	Single piece of swab
	Urine	~ 15 mL
	Saliva	1-100 μL
Typical DNA Yield [μg]	~ 5 μg
DNA purity	A_260/280> 1.8
Turnaround Time	> 10 min

* 시료의 종류에 따라 측정 값의 차이가 있을 수 있습니다.

▶ 구성품

Components	Volume	Quantity*
TL Buffer	15 mL	1 ea
GB Buffer	15 mL	1 ea
WM1 Buffer	30 mL	1 ea
WB2 Buffer	10 mL	1 ea
WE Buffer	40 mL	1 ea
EA Buffer	25 mL	1 ea
Proteinase K powder, lyophilized	25 mg	1 ea
RNase A powder, lyophilized	24 mg	1 ea
Poly(A), lyophilized	1 mg	1 ea
Magnetic Nanobead	6 mL	1 ea
1.5 mL Tube	50 ea	1 pack
One Page Protocol	-	1 ea

* Mini-50 rxn, Midi-7 rxn, Maxi-3 rxn

▶ 실험 자료

M: 1 kb ladder (Cat. No. D-1040, Bioneer)
BIONEER: EcoQprep™ Genomic DNA Kit
A: Competitor A Kit

Sample	EcoQprep™		Competitor A
Sample	Yield (μg)	Purity (A_260/280)	Yield (μg)	Purity (A_260/280)
Whole blood (Human blood)	6.45 μg	1.85	5.53 μg	1.85
Animal tissue (porcrine skeletal muscle tissue)	5.48 μg	1.86	5.60 μg	1.85
HeLa Cell	24.1 μg	1.92	23.3 μg	2.00
E. coli	14.7 μg	1.83	15.5 μg	2.05

Figure 1. Comparison of Genomic DNA Extraction from Various Samples using EcoQprep™ Genomic DNA Kit and Competitor’s kit (column type).

(a) Whole blood: DNA extracted from 200 µL
(b) Animal tissue: DNA extracted from 15 mg of porcine skeletal muscle tissue
(c) HeLa cell: DNA extracted from 1x10⁶ cells/rxn
(d) Escherichia coli : DNA extracted from 1x10⁹ cells/rxn (DH5α)

M: 1 kb ladder (Cat. No. D-1040, Bioneer)
Mini, Midi: EcoQprep™ Genomic DNA Kit

Scale	Mini			Midi
Sample	Starting amount	Yield (μg)	Purity (A_260/280)	Starting amount	Yield (μg)	Purity (A_260/280)
Whole blood (Human blood)	100 μL	3 μg	1.80	1 mL	30.85 μg	1.82
Animal tissue (porcrine skeletal muscle tissue)	20 mg	5.48 μg	1.81	100 mg	23.9 μg	1.81
HeLa Cell	1 x 10⁶ cells	13.6 μg	1.83	5 x 10⁶ cells	75.3 μg	1.83
E. coli	1 x 10⁹ cells	14.7 μg	1.83	5 x 10⁹ cells	83.9 μg	1.80

Figure 2. Genomic DNA Extraction from Various Samples using EcoQprep™ Genomic DNA Kit at Mini and Midi scales.

Figure 3. Comparison of real-time qPCR data of genomic DNA from HeLa cell (1 x 10¹ - 1 x 10⁵) purified with EcoQprep™ Genomic DNA Kit and competitor’s kit (single column type).

(a) Amplication curve of GAPDH from HeLa cell (1 x 10¹ - 1 x 10⁵) genomic DNA purified with Bioneer EcoQprep™ Genomic DNA Kit.
The premix used was Accupower^® Plus DualStar™ qPCR PreMix (K-6600).
(b) Comparison of standard curves from qPCR results using genomic DNA purified with Bioneer EcoQprep™ DNA Kit and competitor A kit.

Sample	Whole blood	Saliva	Fingerprint
EcoQprep™	28.54	28.07	36.33
EcoQprep™	28.18	28.43	36.29
Competitor A	28.64	28.1	36.45
Competitor A	29.08	28.59	36.45

Figure 4. Genomic DNA Extraction from Paper Using EcoQprep™ Genomic DNA Kit Compared with a Competitor’s kit (column type).

After DNA extraction, real-time PCR is performed using the AccuPower® Plus DualStar™ qPCR PreMix with GAPDH as the target.
(a) Blood: DNA extracted from a 7 mm diameter punched sample of dried human whole blood (25 µL) on Whatman FTA card.
(b) Saliva: DNA extracted from a 7 mm diameter punched sample of dried human saliva (10 µL) on paper.
(c) Fingerprint: DNA extracted from a 7 mm diameter punched sample of fingerprint traces on paper.

Sample	Whole blood	Saliva
EcoQprep™	29.15	30.30
EcoQprep™	29.14	30.60
Competitor A	29.69	32.05
Competitor A	29.89	32.14

Figure 5. Genomic DNA Extraction from Fabric Using EcoQprep™ Genomic DNA Kit Compared with a Competitor’s kit (column type).

After DNA extraction, real-time PCR is performed using the AccuPower® Plus DualStar™ qPCR PreMix with GAPDH as the target.
(a) Blood: DNA extracted from a 7 mm diameter punched samples of human blood (10 µL) stains on fabric.
(b) Saliva: DNA extracted from a 7 mm diameter punched samples of human saliva (10 µL) stains on fabric.

Scale	Bone	Nail Clipping	Hair (with root)	Hair (without root	Cotton Swab	Chewing Gum
EcoQprep™	29.63	28.00	29.99	33.39	26.41	32.10
EcoQprep™	29.48	27.98	30.04	33.08	26.29	32.25
Competitor A	29.63	30.04	30.7	34.66	26.87	31.21
Competitor A	28.75	29.46	30.4	34.22	26.45	31.10

Figure 6. Genomic DNA Extraction Using EcoQprep™ Genomic DNA Kit Compared with a Competitor’s kit (column type).

After DNA extraction, real-time PCR is performed using the AccuPower® Plus DualStar™ qPCR PreMix with GAPDH as the target.
(a) Bone: DNA extraction from porcine bone 100 mg.
(b) Nail Clipping: DNA extraction from 15 mg of nail clipping.
(c) Hair: DNA extraction from 1 strand of hair with or without root.
(d) Cotton swab: DNA extraction from cotton swab with human saliva.
(e) Chewing Gum: DNA extraction from chewing gum with human saliva.

◈ Quality Assurance

Bioneer is the holder of Quality Management System Certificates for the following standards.

• ISO 9001 - certificate

주문 정보

▶ 주문 정보

카탈로그 번호	제품명	규격
K-3701	EcoQprep™ Genomic DNA Kit	50 reactions

▶ 관련 제품

카탈로그 번호	제품명	규격
TM-1012	EcoQprep™ Magnetic Separation Rack	2 ml tube x 12 holes
C-9006	1M Tris-HCl (pH 8.0)	500 mL
C-9007	0.5M EDTA (pH 8.0)	500 mL
C-9024	PBS (Phosphate-Buffered Saline)	500 mL
C-9030	DEPC-DW	500 mL

자주 묻는 질문들

Proteinase K 사용법을 알고 싶습니다.

1 vial에 들어있는 25 mg의 Proteinase K를 1.25 ml의 nuclease-free water에 용해 후, 1 rxn 당 20 µl씩 사용합니다. 용해 후에는 4℃에서 보관해야 하며, 장기보관 시, 소량 분주하여 -20°C에서 보관을 권장 드립니다. 자세한 사항은 제품 매뉴얼을 참고해주시기 바랍니다.

타사 Proteinase K 사용 가능한가요?

사용 가능하며, final concentration 맞춰서 사용해야 합니다.

Proteinase K의 unit은 어떻게 되나요?

30 U/mg 이상입니다.

Elution buffer 조성은 어떻게 되나요?

10 mM Tris-HCl (pH 8.0) 입니다. 기타 buffer에 대한 조성확인은 홈페이지 제품 페이지의 관련 문헌/자료 탭의 MSDS에서 확인 가능합니다.

실험 과정 중, 중간에 멈추고 냉동보관 가능한 과정이 있나요?

GB buffer 처리 후 ethanol 첨가 전에서 냉동 가능하며(-80°C), WA1 buffer 처리 후 냉장보관이 가능합니다(짧은 시간 보관 시 추천).

FFPE sample에서 gDNA 추출이 가능한가요?

Xylene을 이용하여 전처리 후, animal tissue protocol로 DNA 추출이 가능합니다.

박테리아 gDNA 추출이 가능한가요?

Gram-negative, gram-positive 박테리아 모두 가능합니다. Gram-positive 박테리아의 경우, 별도의 Lysis Buffer가 필요하며 lysozyme 전처리 후 추출 가능합니다(Lysis buffer 조성: 20 mM Tris-HCl (pH 8.0), 2 mM EDTA, 1.2% Triton^® X-100/Lysozyme dissolve solution: D.W.).

Gram-positive 박테리아에 lysozyme을 반드시 처리해야 하나요?

Gram-positive박테리아의 세포벽의 주성분인 peptidoglycan을 분해하기 위해 lysozyme이 필요합니다.

Fungi gDNA 추출이 가능한가요?

AccuPrep^®/EcoQprep™ Plant Genomic DNA kit를 활용할 수 있으며, zymolyase(Lyticase)를 통한 전처리 후에 추출 가능합니다. (zymolyase(Lyticase)은 fungi cell wall의 주성분인 β-glucan을 분해합니다)

Yeast gDNA 추출이 가능한가요?

Zymolyase를 이용하여 전처리 후, 추출 가능합니다. (Zymolyase(Lyticase)은 fungi cell wall의 주성분인 β-glucan을 분해합니다)

플랑크톤 gDNA 추출이 가능한가요?

동물 플랑크톤은 AccuPrep^®/EcoQprep™ Genomic DNA Kit의 animal tissue protocol로 추출 가능하며, 식물 플랑크톤은 AccuPrep^®/EcoQprep™ Plant Genomic DNA Kit를 사용하여 추출 가능합니다.

Soil에서 gDNA 추출이 가능한가요?

현재 자사에는 가능한 제품이 없습니다만

TL Buffer를 토양과 동일 부피로 혼합한 뒤, Proteinase K를 (400 ug) 넣고, 10분 이상 60℃에서 가열
혼합물과 동일 부피의 Phenol/chloroform/isoamyl alcohol을 넣고 1분간 vortex하여 혼합
상층액만 분리하여, 동일부피의 GB Buffer를 추가한 뒤, 2배 부피의 Ethanol을 추가하여 AccuPrep^® Binding Column-I에 넣고 원심분리
이후 과정은 AccuPrep^® Genomic DNA Kit 참고

혈액에서 gDNA 추출이 가능한가요?

Whole blood, buffy coat에서 추출이 가능하며, plasma와 serum의 경우, 백혈구가 제거된 시료이기 때문에 gDNA가 거의 없어 추출양이 매우 적습니다.

Water sample (하수, 오수)에서 gDNA 추출이 가능한가요?

가능합니다. Spin column type의 경우 sample양을 200 µl로 권장하며, sample양이 많을 경우에는 bead type을 권장합니다.

DNA 농축을 위해 elution 볼륨 조절이 가능한가요?

조절 가능하지만 회수율의 차이가 있어 1/10 volume양을 사용한다고 해서 x 10의 농도가 얻어지진 않습니다. 고농도의 많은 양을 원할 경우 별도의 DNA침전법(EtOH 침전법)을 진행할 것을 권장합니다.

Tissue sample 사용 시 수율이 좋지 않습니다.

Proteinase K 처리 후 overnight하는 것을 추천합니다. 그래도 해결되지 않는다면 GB Buffer 처리 후 30분에서 1시간 incubation 권장하며 lysis 후 원심분리 시 13000 rpm에서 1분간 수행합니다.

Kit로 Prep 후 NGS 가능한가요?

가능하지만 QC절차가 필요합니다.

미토콘드리아 DNA 추출 가능한가요?

Total로 추출되며 미토콘드리아 gDNA만 추출하는 키트는 없습니다.

구강상피세포에서 DNA 추출이 가능한가요?

Swab으로 표피세포 채취 후 200 ul의 TL Buffer 또는 1X PBS에 희석하여 Genomic DNA Kit로 추출 가능하며 animal tissue protocol로 진행하면 됩니다.

기타 궁금하신 사항은 sales@bioneer.co.kr 로 문의하여 주시기 바랍니다.